Characterization of the ligand binding of PGRP-L in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) by molecular dynamics and free energy calculation

Background: Peptidoglycan (PGN) recognition proteins (PGRPs) are important pattern recognition receptors of the host innate immune system that are involved in the immune defense against bacterial pathogens. PGRPs have been characterized in several fish species. The PGN-binding ability is important for the function of PGRPs. However, the PGRP-PGN interaction mechanism in fish remains unclear. In the present study, the 3-D model of a long PGRP of half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) (csPGRP-L), a marine teleost with great economic value, was constructed through the comparative modeling method, and the key amino acids involved in the interaction with Lys-type PGNs and Dap-type PGNs were analyzed by molecular dynamics and molecular docking methods. Results: csPGRP-L possessed a typical PGRP structure, consisting of five ß-sheets and four α-helices. Molecular docking showed that the van der Waals forces had a slightly larger contribution than Coulombic interaction in the csPGRP-L-PGN complex. Moreover, the binding energies of csPGRP-L-PGNs computed by MM-PBSA method revealed that csPGRP-L might selectively bind both types of MTP-PGNs and MPP-PGNs. In addition, the binding energy of each residue of csPGRP-L was also calculated, revealing that the residues involved in the interaction with Lys-type PGNs were different from that with Dap-type PGNs. Conclusions: The 3-D structure of csPGRP-L possessed typical PGRP structure and might selectively bind both types of MTP- and MPP-PGNs, which provided useful insights to understanding the functions of fish PGRPs.

Matrilisinas e B-catenina em carcinoma de células escamosas de língua - relação com o potencial metastático tumoral / Matrilisinas and B-catenina in carcinoma of escamos cells of language - relation with the tumoral metastatico potential

O carcinoma de células escamosas (CCE figura entre aslesões de maior interesse da região bucal e quando presente em língua exibe aspecto mais infiltrativo, curso clínico agressivo e prognóstico desfavorável, o que pode estar associado com maior potencial metastático. O presente trabalho investigou a expressão da B-catenina, metaloproteinase-7 (MMP-7) e da 26 (MMP-26) em CCE de língua e divididos em dois grupos: grupo metástico (n=12) e grupo sem metástase (n=12) os quais foram submetidos a marcação imunohistoquímica. Realizou-se uma análise semi-quantitativa no fronte invasivo tumoral e a imunoexpressão das proteínas foi categorizada como sendo negativa, positiva e fortemente positiva, atribuindo-se escores, 0 + e ++, respectivamente. A expressão para B-catenina demonstrou que 33 por cento dos casos foram escore "0", 50 por cento escore "+" e 17 por cento escore "++" no grupo metastatico; 42 por cento com escore "0", 33 por cento escore "+" e 25 por cento escore "++" no grupo sem metástase. Alem disso, a B-catenina demonstrou marcação ora restrita à membrana ora citoplasmática ou nuclear e, ainda, associação destas. Com relação à MMP-7, os resultados demonstraram padrão de marcaço idêntico nos dois grupos, onde 17 por cento dos casos exibiram escore "0, 50 por cento "+" e 33 por cento "++". Tratando-se de MMP-26, observaram-se 25 por cento com escore "0", 8 por cento "+" e 67 por cento escore "++" no grupo metatástico; 8 por cento com escore "0", 50 por cento "+" e 42 por cento escore "++" no grupo sem metástase. A análise estatística através dos testes U de Mann e Whitney e correlação de Spearmam não demonstrou nunhuma diferença significativa entre a expressão das proteínas nos dois grupos e, tampouco, correlação entre a expressão das mesmas. Diante destes dados, conclui-se que a expressão da B-catenina, MMP-7 e MMP-26 não constitui um método eficaz isolado para predizer o potencial metastatico dos CCE em língua